За последното столетие земеделието е изиграло огромна роля в производството на излишен реактивен азот (всички други форми на азот с изкл. на N2). Този излишък от азот се акумулира в околната среда и води до замърсяване с азот. Замърсяването с азот е проблем, защото може да причини еутрофикация на водните зони и „Мъртви зони” в крайбрежията на океаните. Той също допринася за климатичните промени, киселинните дъждове, загубата на биоразнообразие и повече.
Като реакция на многото екологични и човешки здравни последствия, свързвани с конвенционалното земеделие, някои производители се обръщат към органични методи, с надеждата че избягването употребата на синтетични пестициди и изкуствени торове ще намали негативното влияние на производството на храна. Органичното фермерство може да има положителен ефект върху замърсяването с азот, защото биологичните производители рециклират растителния си материал чрез компостиране, като им е забранено влагането на синтетично произведени азотни торове. Те също често прилагат сеитбооборот, което може да предотврати отделянето на високи нива азот в резултат на почвена ерозия.